[開設 01/17/08] [更新 04/28/09]
形式概念分析の適用例

10種の脊椎動物の分岐分析

「多様性の生物学」 の「多様性の整理法」（第11回講義） （東京医科歯科大学 教養部 生物学教室 和田 勝 教授）より

対象

perch（スズキ）， coelocanth（シーラカンス）， salamander（サンショウウオ）， frog（カエル）， turtle（カメ）， man（ヒト）， gecko（ヤモリ）， snake（ヘビ）， alligator（ワニ）， budgy（セキセイインコ）

属性

1：羊膜あり， 2：肢あり， 3：皮骨鱗なし， 4：血液 温， 5：内鼻孔あり， 6：心房隔壁あり， 7：頭頂骨窓２あり， 8：半陰茎あり， 9：砂嚢あり， 10：茎状歯あり， 11：羽あり， 12：翼あり， 13：脊椎なし

文脈表（その1）

   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13 
perch 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
coelocanth 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
salamander 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0
frog 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0
turtle 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
man 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
gecko 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
snake 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
alligator 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0
budgy 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 0

注： 「多様性の生物学」 の「多様性の整理法」p. 165 の表， および 「第11回講義の内容」19枚目のスライドの表で， 右端の列の 1 は 0 の誤り （上の文脈表が正しい）

概念束（その1）



例によって， 対象の名義尺度 (nominal scale) 文脈との並置 (apposition) をとる．

文脈表（その2）

   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13 
perch 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
coelocanth 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
salamander 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0
frog 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0
turtle 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
man 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
gecko 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
snake 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0
alligator 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0
budgy 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 0

  ス
ズ
キ 		シ
｜
ラ
カ
ン
ス 		サ
ン
シ
ョ
ウ
ウ
オ 		カ
エ
ル 		カ
メ 		ヒ
ト 		ヤ
モ
リ 		ヘ
ビ 		ワ
ニ 		セ
キ
セ
イ
イ
ン
コ
perch 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
coelocanth 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
salamander 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
frog 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
turtle 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
man 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
gecko 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
snake 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
alligator 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
budgy 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

概念束（その2）



上図から 最小元を削除しても木（分岐図）にならない．
図から， 最も単純な操作で木に変形するには， 「4：血液 温」を， ヒト(man)とセキセイインコ(budgy)に分ければ よいことが わかる．
また， 「13：脊椎なし」は どの対象にも当てはまらず， 検出力がないので，削除する．

文脈表（その3）

   1   2   3   4m   4b   5   6   7   8   9   10   11   12 
perch 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
coelocanth 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
salamander 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0
frog 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0
turtle 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
man 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0
gecko 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0
snake 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0
alligator 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 0
budgy 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 0 1 1

  ス
ズ
キ 		シ
｜
ラ
カ
ン
ス 		サ
ン
シ
ョ
ウ
ウ
オ 		カ
エ
ル 		カ
メ 		ヒ
ト 		ヤ
モ
リ 		ヘ
ビ 		ワ
ニ 		セ
キ
セ
イ
イ
ン
コ
perch 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
coelocanth 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
salamander 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
frog 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
turtle 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
man 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
gecko 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
snake 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
alligator 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
budgy 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

概念束（その3）



上図から 最小元を削除すれば， 「多様性の生物学」 の「多様性の整理法」（第11回講義）掲載のものと同じ分岐図が得られる．

Concept Explorer データ ファイル

10vertebrates.cex (18KB：右クリックでダウンロードしてください)
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